Ở Phú Yên, số người nhiễm HIV/AIDS đang ở giai đoạn tập trung trong nhóm người có nguy cơ cao (nhóm có quan hệ tình dục không an toàn). Dịch HIV/AIDS đã có mặt ở 9/9 huyện thị xã, thành phố. Tính đến ngày 31/10/2022, lũy tích số trường hợp nhiễm HIV là 915 trường hợp, số bệnh nhân AIDS là 315 và 215 trường hợp tử vong do AIDS. Tỷ lệ nhiễm HIV/AIDS trong cộng đồng là 0,09%. Theo thống kê thì đối tượng nhiễm HIV mới được ghi nhận nhiều nhất là ở nhóm tuổi từ 16 đến 49 tuổi. Đường lây chủ yếu hiện là đường tình dục, đặc biệt đáng lo ngại là quan hệ tình dục đồng giới nam với nam.