Do ảnh hưởng của dịch Covid - 19, tỉnh Phú Yên thực hiện giãn cách xã hội theo Chỉ thị 15 của Chính phủ, Trường Đại học Phú Yên dừng các hoạt động trực tiếp, chuyển sang dạy học trực tuyến và triển khai ngay các biện pháp phòng dịch theo sự chỉ đạo của Chính phủ và khuyến cáo của Bộ Y tế. Theo thống kê, hầu hết sinh viên của Nhà trường đã trở về nhà an toàn, tuy nhiên có nhiều sinh viên không thể về nhà do nhiều yếu tố : ảnh hưởng của dịch bệnh, kế hoạch học tập, nhà ở ngoài tỉnh. Nhà trường đã có nhiều hoạt động thiết thực để hỗ trợ và động viên sinh viên yên tâm học tập. Ngày 14/7/2021, Công đoàn cơ sở phối hợp với Đoàn Thanh niên Trường Đại học Phú Yên tổ chức thăm hỏi và tặng quà (mỗi phần quà trị giá 500.000 đồng gồm tiền và hiện vật) động viên 06 sinh viên bị ảnh hưởng của đợt dịch Covid – 19 đang diễn ra.

Ngày 11/4/2021, Đoàn Thanh niên Trường Đại học Phú Yên phối hợp với Đoàn Thanh niên Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên tổ chức Chương trình giao lưu sinh viên Việt Nam - Lào vui Tết cổ truyền Bunpimay của nước CHDCND Lào. Đến dự có đồng chí Trần Minh Trí - Phó Bí thư Tỉnh đoàn, Chủ tịch Hội Sinh viên tỉnh Phú Yên; đồng chí Lê Văn Phất – Phó Hiệu trưởng Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên; đồng chí Trần Lăng – Phó Bí thư Đảng uỷ, Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Phú Yên, cùng các du học sinh Lào và cán bộ giảng viên, sinh viên của hai trường.

Hướng tới lập thành tích Chào mừng kỷ niệm 90 năm Ngày thành lập Đoàn TNCS Hồ Chí Minh (26/3/1931 – 26/3/2021). Ngày 28/3, tại xã An Hòa Hải (H. Tuy An), Tỉnh đoàn, Hội Sinh viên tỉnh Phú Yên phối hợp với Đoàn - Hội Sinh viên Trường Đại học Phú Yên tổ chức chương trình “Tuổi trẻ Phú Yên với biển đảo quê hương” năm 2021. Chương trình đã thu hút gần 200 đoàn viên, thanh niên, hội viên, sinh viên đến từ các trường đại học, cao đẳng, học viện trong tỉnh, Huyện Đoàn Tuy An, Đoàn Thanh niên Bộ đội Biên phòng tỉnh tham gia.

Ngày 25/3/2021, Đoàn Thanh niên Trường Đại học Phú Yên đã tổ chức Chung kết Hội thi Chúng tôi là đoàn viên Đoàn TNCS Hồ Chí Minh – Kỷ niệm 90 năm Ngày thành lập Đoàn TNCS Hồ Chí Minh (26/3/1931 – 26/3/2021). Đến dự có đồng chí Phan Xuân Hạnh – Uỷ viên BCH TW Đoàn, Tỉnh uỷ viên, Bí thư Tỉnh đoàn Phú Yên; đồng chí Võ Thị Minh Duyên – Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch Hội đồng trường Trường Đại học Phú Yên; cùng cán bộ giảng viên là Bí thư đoàn trường qua các thời kỳ và hơn 200 đoàn viên thanh niên Trường Đại học Phú Yên.