Trường đại học Phú Yên được thành lập theo Quyết định 112/QĐ-TTg ngày 24/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở sáp nhập Trường cao đẳng Sư phạm Phú Yên và Trường trung học Kinh tế - Kỹ thuật Phú Yên. Trải qua quá trình hình thành và phát triển, nhà trường từng bước khẳng định vai trò là một trường đại học đa ngành, đa cấp phục vụ nhu cầu phát triển KT-XH của tỉnh nói riêng và khu vực Nam Trung Bộ - Tây Nguyên nói chung.